Dr. Fuad Muhammad memiliki kepakaran utama di bidang Ekologi dan Konservasi Sumber Daya Alam. Fokus penelitiannya mencakup struktur komunitas ikan di ekosistem pesisir dan sungai, keanekaragaman hayati kawasan mangrove, potensi ekowisata berbasis sumber daya hayati, serta kualitas perairan sebagai dasar pengelolaan biodiversitas akuatik. Beliau juga aktif sebagai pemimpin redaksi Jurnal Akademika Biologi dan terlibat dalam berbagai penelitian kolaboratif mengenai ekosistem perairan Jawa Tengah.
- Struktur Komunitas Ikan di Pantai Pasarbangi, Rembang. Link: https://doi.org/10.14710/jil.21.1
- Potensi Sumberdaya Alam Hayati Kawasan Mangrove Pasar Banggi Kabupaten Rembang Sebagai Objek Ekowisata. Link: https://mbio.fsm.undip.ac.id/v1/jurnal/
- Kualitas Biotik Perairan Sungai Blorong sebagai Pendukung Pengelolaan Keanekaragaman Hayati dan Penyediaan Air Baku di Kawasan Kendal. Link: https://kepakaran.apps.undip.ac.id/lecturers/profile/
- Kandungan Chromium pada Perairan, Sedimen dan Kerang Darah (Anadara granosa) di Wilayah Pantai Sekitar Muara Sungai Sayung Demak. Link: https://doi.org/10.14710/bioma.10.2.36-40